國定古蹟「台南火車站」最近傳出遭施工單位修壞，僅日據時期的外牆磁磚及窗戶被敲掉，原本計畫保留的2樓鐵道飯店衛浴設備也被移除，而且難以恢復。對此，文化部文資局將舉辦古蹟審議大會開罰，並追究相關刑責。
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因施作廠商未報審議委員會通過，即擅自直接施工，不僅外牆磁磚和窗台遭破壞敲除，2樓鐵道飯店日治時期衛浴設備也被移除丟棄，在難於復原下，文資局打算以仿作來替代。
1936年興建完工的國定古蹟台南車站，至今已經使用86年，為配合台南鐵路地下化工程，從2017年起進行整體修復。2017年起進行古蹟修復，原計畫2021年完工，因變更設計延至今年1月完工，修復經費也從1億5千萬元追加到1億7千萬元，不過工程不僅未報完工，2月時還遭文資局勒令停工中。
台南車站整體修復工程，過程中發現施工團隊有些地方沒有按照審定規畫設計書圖進行施作，隨即要求停工並辦理工程督導。
目前發現損壞較為嚴重之處，計有：車站外牆日據時期的磁磚被敲掉；2樓原日據時期台灣唯一車站旅店的浴室磁磚，也因包商施作防水工程被敲掉；原本希望保留的浴室洗手台等設備也遭移除。由於多數舊建材都已經被丟棄，日後只能以仿作的方式重現。